Ponpes Nurul Khoiroh memiliki andil dalam mencerdaskan anak bangsa, khususnya dibidang agama. Pesantren membangun mental bangsa Indonesia untuk selalu berpegang teguh pada warisan bangsa, budaya dan karakter bangsa Indonesia. Tidak sedikit kearifan lokal, dan kearifan sosial yang ada di Indonesia sudah selaras dengan ajaran-ajaran Islam. Sikap saling menghormati, menghargai, dan memahami antar sesama, rendah, diri, dan hidup sederhana, sudah tradisi Indonesia, yang semua itu selalu ditekankan dan diajarkan di pesantren Nurul Khoiroh.

Bermula H. Sidiq pada medio tahun 1930, beliau mengajarkan ilmu agama di Mushola dusun pekarangan. Dengan istiqomah beliau mendidik santri, menanamkan nilai-nilai luhur,. Beliau memiliki cita-cita yang mulya yakni mencetak generasi penerus perjuangan agama islam.

Pada tahun sekitar 1940 putra H. Sidiq yang bernama kyai Husain mendirikan sebuah pesantren. Pada masa itu jumlah santri mencapai kurang lebih 150 santri putra putri. Kyai Husain wafat ditahun 1961. Setelah beliau wafat kondisi pesantren mengalami penurunan jumlah santri, sehingga santri yang tersisa hanya santri kalong. Ponpes mengalami kefakuman, hal tersebut terjadi karena putra putri beliau masih usia remaja, sehingga belum bisa menggantikan sebagai pengasuh.

Pada tahun 1975, putri kyai Husain yang bernama Hj. Romlah dan menantunya yang bernama H. Abas, berinisiatif memanggil alumni untuk membantu mengajar dan menghidupkan kembali kegiatan pesantren. Alumni tersebut bernama Umi Bariroh.

Masa demi masa terlalui dan pada akhirnya ponpes Nurul Khoiroh mengalami perkembangan yang sangat pesat, hal tersebut tidak lepas dari keikhlasan perjuangan putra/putri kyai Husain serta para cucu beliau dalam mendidik para santri, mereka yang menjadi tonggak estafet penerus perjuangan pesantren. Didirikanlah lembaga formal yaitu MTs. Nurul Khoiroh pada tahun 2017 dan MA Nurul Khoiroh pada tahun 2018.